也許也是阿合馬榨取的民脂民膏太多，吃得太多，所以他迸濺出來，加倍予以償還，真是罪大惡極，罪有應得。那些叛黨又趁機殺死了中央高中書令郝鎮，拘捕了右丞張惠。頓時宮廷中大鬧起來，作一團，毫無秩序。

叛已經平定後，元世祖就返回燕京都城，還認為阿合馬等人是被冤枉殺死的，準備加以恤，真是是非顛倒，黑白混淆。樞副使孛羅，史書上也記載為博羅。他而出，竭力反對恤阿合馬的家人，還曆數阿合馬的罪狀，憤怒地大聲：“他真是該殺！完全該殺！他罪大惡極，死有餘辜。隻是難為了王著，他為民除害，死得冤枉。”

忽辛當時是江淮右丞，被逮捕以後，皇帝命令朝廷的大臣對他進行審訊，忽辛反駁他們：“你們曾經接過我家的錢財，怎麽有資格審問我所犯下的罪過？”後來到參知政事張雄飛審問忽辛的時候，他先詢問忽辛：“我也曾經接你們家的錢財沒有？”

忽辛回答沒有，張雄飛接著對他：“你如此來，我就有資格審問你了？”就審問清楚了忽辛的罪過，依法將他死。元世祖後來雙聽郝鎮黨羽的罪惡，也下令對他進行屠殺的懲罰。

另外還有右丞耿仁，與郝鎮一樣犯有同樣的罪過，把他關進監獄，判了死刑。其餘的犯罪分子，也一律罷免，予以嚴懲，並裁減了多餘的員七百一十四人，撤銷了府機構二百多所，通過這次大清洗，朝廷外總算整頓好了。